Existen 2 métodos generales para obtener plantas transgénicas.
Por un lado tenemos el uso de Agrobacterium tumefaciens un patógeno de plantas que provoca tumoraciones en su tronco o tallo; cuando la planta sufre una herida de forma accidental emite citoquinas que son captadas por las bacterias que se encuentran en la zona afectada como una señal para iniciar su ciclo infeccioso, entonces transfieren un plásmido (el Ti) que contiene los genes necesarios para que las células vegetales produzcan el sustrato del cual se alimenta la bacteria, durante dicho proceso un fragmento de DNA contenido en el plásmido se inserta en el genoma de la planta. Utilizando versiones modificadas de ese plásmido se puede introducir material genético exógeno en cultivos celulares vegetales (cuajos) que con el aporte adecuado de hormonas permitirán la obtención de una planta modificada genéticamente en todas sus células.
La técnica anterior sería perfecta para obtener transgénicos si no fuera porque A. tumefaciens no infecta plantas monocotiledoneas por lo que no es aplicable en algunas de las especies más importantes económicamente (pastos y cereales), por lo que se buscó una técnica que permitiera realizar transgénsis en estas plantas. Esa técnica es el gene gun, que se basa en disparar proyectiles de oro o tungsteno rebozadas con el DNA exógeno para que penetre en las células vegetales e inserte dicho DNA. La técnica está muy desarrollada y actualmente no sólo funciona con eficiencia similar a la de A. tumefaciens sino que además permite insertar el transgén en el genoma de los cloroplastos, lo que supone un número de copias mucho mayor por cada célula. Además, introducir el transgén en los cloroplastos permite solucionar uno de los grandes problemas de las plantas transgénicas: el riesgo de transmisión horizontal a través del polen, ya que los cloroplastos se transmiten por vía “materna” y por lo tanto no viajan con el polen.
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